1530 wurde die Gemeinschaft von Antonius Maria Zaccaria (geb. 1502 in Cremona / Italien) unter Mitarbeit von Bartholomäus Ferrari und Jakob Anton Morigi gegründet. Nach der päpstlichen Anerkennung 1533 und einem Umzug in das Kloster an der Kirche San Barnaba in Mailand wurde der Orden „Barnabiten” genannt.
Im Jahre 1626 übergab Kaiser Ferdinand II. (1578/1619-1637) die Michaelerkirche in der Stadt Wien der Obsorge der Barnabiten, die er aus Mailand kommen ließ. 1656 erwarben die Barnabiten einen Weingarten in der Vorstadt Mariahilf und legten dort einen Friedhof an.